La película comienza con Parche en el tráfico. El piensa que perdió el próximo episodio de Bob Esponja; pero de pronto Encino desaparece de la nada y Parche entocnes muestra el capitulo.
El show comienza con Bob Esponja haciendo burbujas y Patricio tomándoles fotos, causando que truenen. Patricio destruye la cámara fotográfica pero Bob Esponja dice que es la verdadera naturaleaza salvaje de la frágil burbuja. El canta una canción sobre las burbujas accidentalmente haciendo una burbuja que lo envuelve a él junto con Patricio y los lleva hacia un lugar. Encuentran ahí una moneda rota (El amuleto de la Atlantida) que revienta la burbuja en la que ellos iban. Patricio cree que le perteneció a los antecesores de Bob Esponja. Se llevan la moneda hacia el museo.
Mientras tanto Don Cangrejo finje ser un guardia del museo y roba el dinero de una anciana que iba entrar al museo ya que casi los lunes siempre s gratis. Al entrar encuentra con que la anciana platica con el guarida y se esconde; justamente cuando Bob y Pat tienen la pieza.
Entre tanto van con Calamardo que esta pintando, Calamardo cree que Bob y Patricio robaron la pieza faltante del amuleto, Calamardo agarra la mitad del amuleto (la de Bob) y Don Cangrejo llega con ellos, Calamardo les enseña a Bob y Patricio sobre la Atlantida. Arenita llega al museo. Después, Arenita, Bob, Patricio y Don Cangrejo convencen a Calamardo de poner las 2 piezas juntas.
Un camino mágico (un autobús) llega y se abre. El capitán les dice a los personajes (con Plankton que se había escabullido de ahi) que el autobús necesita gasolina, cuando van a una gasolinera Cangrejo observa que no tiene un tanque de saolina, pero el Bot dice que el combustible es una canción; entonces cantan y parten a la Atlantida; pero Patricio «vacía» toda la gasolina cantando una mala canción. El bus cae en una jardín tópico de la Atlantida. Ahí conocen a Señor Alteza Real. El les da un tour, pero en el tour Don Cangrejo, Arenita y Calamardo deciden quedarse cada uno por su cuenta. Plankton se escapa de bus y encuentra la sala de armería, con ella puede gobernar el mundo. Al partir, Don Cangrejo encuentra una sala con mucho dinero y decide quedarse.
Arenita le explica si hay ciencia, y el señor alteza Real les muestra la galeria científica; en el primero muestra una maquina que cambia objetos, pero solo los intercambia por helados. Luego una maquina que los permite entrar a un videojuego virtual; todos entran y Arenita los salva de unas bestias y la nariz haciendo pus. Arenita entonces decide quedarse.
Segunda Parte
Comienza en el mismo punto donde Arenita decidió quedarse en la sala de ciencia; Calamardo le explica si hay arte y entonces el Señor Alteza Real le da una brocha a Bob Esponja que resulta ser una puerta mágica a la cual entran a la sala de Arte. De ahí Calamardo es atrapado por el arte. Mientras tanto, Plancton checa la Sala de Armamento, él escoge un armamento (que resulta ser un tanque). Por fin, Bob y Patricio ven la burbuja más vieja del mundo que tienes 1 millón de años. Patricio toma una foto de ella causando que se rompa.
Con Parche el Pirata, este trata de creer por un consejo de Bob Esponja que Encino no ha desaparecido; entonces sueña que había vuelto a su casa pero resultaba ser una ilusión. Mas tarde Potty le da un sandwich pero a Parche no le gusta la mayonesa y entonces se la da a un zopilote.
Bob Esponja le dice al Señor Alteza Real que como reventaron la burbuja tienen que regresan a Fondo de Bikini pero él les dice que no lo tienen que hacer porque la burbuja que reventaron era una imitación, el Señor Alteza Real les muestra la verdadera burbuja más vieja del mundo, pero otra vez Patricio toma una foto de la burbuja causando que se rompa. El señor junto con otros guardias persiguen a Bob, Patricio, Calmardo, Arenita y Cangrejo (que habían salido de las tres salas), pero Plancton aparece y trata de destruirlos con un tanque que simplemente lanza helado.
El Señor Alteza Real agarra a Plancton y dice que una «cosa verde parlante minúscula» sería una mejor atracción que la burbuja más vieja del mundo. Cuando los cuatro se suben al autobus de regreso a casa, el Señor Alteza Real les quita el amuleto de la Atlantida y le ordena a un soldado que lo guarde. Todos se quieren quedar en la Atlantida pero se van y todos (excepto Bob Esponja) se quedan tristes.
Al finalizar, Parche encuentra Encino encogido y resulta que unos extraterrestres se disculpan con el porque su hijo jugaba con el rayo encogedor y accidentalmente encogió la ciudad. El extraterrestre regresa la ciudad de vuelta a la normalidad y Parche regresa a su casa con Potty que se volvió muy grande.