El protagonista Philip J. Fry es considerado lento de mente por sus compañeros de trabajo. En una demostración de ese desprecio el profesor le enseña a Fry su colección de bustos de pensadores famosos, y hablando de Leonardo Da Vinci le enseña entre otras cosas su supuesta barba. Fry por error la destroza y descubren que en su interior se hallaban ocultos los planos de un invento desconocido del propio Leonardo.
Para interpretar el plano deciden buscar pistas en las obras de Leonardo descubriendo que en el cuadro de la La Última Cena Santiago Apóstol era un robot. Viajan hasta la Ciudad del Vaticano para exhumar los restos del apóstol y desentrañar el secreto del invento desconocido. Encuentran al robot en el ataúd y este se reactiva revelándoles la historia. Resulta que no es el apóstol sino un artefacto creado por el inventor como modelo de artista, quién al hallar por fin un lugar donde descansar tras tanto tiempo activo, sacó a Santiago de su tumba, según él «con mucho cuidado», aunque se hace evidente que simplemente lo arrojó a un rincón de la catacumba. El robot habla mencionando sociedades intelectuales ocultas creyendo que sus descubridores pertenecían a ellas, pero al darse cuenta de su error se empieza a retractar hasta que parece que va a hablar y muere. Conjeturando de modo más que dudoso el profesor Farnsworth decide que el secreto está en la famosa Fontana de Trevi. Mientras un enigmático personaje les sigue en las sombras, que resulta ser Animatronio, el robot de Da Vinci. Cuando el profesor ordena a Fry, Leela y Bender entrar a la fuente en busca de pistas, Bender, quién inicialmente se negaba ya que ahora un pulpo alienígena gigante vivía allí, y entra en busca de las monedas que la gente arroja al fondo, luego de matar al pulpo gigante, al arrancar lo que él creía que era la última (que era la tapadera de la fuente con un hombre de Vitruvio grabado, aunque más tarde se descubre que era una moneda gigante) provoca que la fuente empiece a vaciarse, a lo que el profesor, Leela y Fry saltan también. La corriente los lleva hasta una cámara secreta, que es parte de un panteón subterráneo de Da Vinci, en dónde encuentran una réplica gigante del hombre de Vitruvio, montada sobre una base que tenía una gigantesca ranura, en la que el profesor deduce que se inserta la moneda gigante que hacía de tapadera de la fuente, al hacer lo cual el piso se abre revelando un sótano subterráneo en el Da Vinci almacenaba todas sus máquinas, y por otro fallo de Animatronio descubren que encajan entre sí, y pueden ensamblar una nave espacial que les lleva al planeta Vinci en el que les recibe el propio Leonardo y les confiesa que fue un visitante extraterrestre en la tierra. El planeta Vinci es un centro intelectual de tal calibre que Leonardo es el tonto del pueblo, y ese fue el motivo por el que nos visitó, aunque volvió por no soportar tampoco el vivir rodeado de idiotas. En una situación semejante, Fry y Leonardo congenian y construyen juntos el invento secreto de Leonardo mientras el profesor Farnsworth asiste a clases demasiado elevadas para su capacidad. El invento resulta ser una máquina del juicio final con la que Leonardo pretende vengarse por las humillaciones recibidas. Fry sin embargo les enseña que siempre habrá alguien más listo que ellos y deben aprender de eso en vez de odiar, estúpidamente detiene la máquina con su propio cuerpo. Finaliza el episodio con el regreso a la tierra por parte de los protagonistas.
