Todo comienza cuando la familia visita un festival, y Homer descubre Animotion, una tecnología utilizada en la producción de dibujos animados. Con esta técnica, los dibujos podían realizar movimientos como si fuesen humanos. A Homer le gusta tanto Animotion, que gasta todo el dinero familiar en comprarse una copia. Sin embargo, un segundo después de haber realizado la inversión, la compañía cae en bancarrota. Para conseguir el dinero familiar de vuelta, Homer consigue un trabajo en un centro médico. En un experimento, los médicos encuentran un crayón en el cerebro de Homer, que había sido introducido allí durante su niñez, y que era la causa de su estupidez. Los científicos, luego, le dicen que si el crayón era removido, podría incrementar su inteligencia o morir. Homer decide arriesgarse a tener la operación, ya que había entendido que podría incrementar su poder de matar.
Luego de que el crayón es removido, el cociente intelectual de Homer crece de 55 a 105 puntos. Su súbita inteligencia le permite tener ser más astuto y sobre todo una mejor relación con Lisa. Un día, Homer escribe un reporte sobre la seguridad de la Planta Nuclear, el cual le hace ver al Sr. Burns que ya no necesitaba más empleados que Homer, y despide a todo el personal. Los amigos de Homer, quienes al principio habían quedado gratamente sorprendidos al ser éste más inteligente, comienzan a odiarlo, y pronto Homer es expulsado de la taberna de Moe. Lisa trata de explicarle, con un gráfico, que cuanto más inteligente es alguien, menos feliz es.
Luego de esta revelación, Homer decide volverse a poner el crayón en el cerebro. Para hacerlo, se dirige con Moe, quien le dice que es un cirujano sin licencia, pero que acepta volver a incrustar el crayón en la cabeza de Homer. Cuando éste vuelve a su casa, había vuelto a ser estúpido, lo cual desilusiona a Lisa, ya que se había acabado el tiempo de visitar la biblioteca y hacer otras actividades culturales con su padre. Sin embargo, pronto encuentra una carta que Homer le había escrito antes de la cirugía, explicándole que ahora entendía como era ser tan inteligente como ella, y que, además, la apreciaba más que nunca. Lisa, al ver la carta, decide aceptar la decisión de su padre y corre a abrazarlo.
